Pondok Pesantren An-Nuqthah memiliki dua sistem yaitu sitem Asuh serta Sistem Ajar yang terintegrasi dengan baik sebagai dasar pondok. Pengasuhan bertindak melakukan pengawasan serta mengatur bagaimana berjalannya kedisiplinan didalam pesantren agar santri dapat terlatih menjalankan kesehariannya didalam asrama. sedangkan Pengajaran menerapkan sistem didik terpadu sesuai naungan dinas Pendidikan dan kementrian Agama yang Berlaku.

Sebagai sebuah lembaga pendidikan menengah sistem Pengajaran sangat berperan bagi kualitas pendidikan santri. Terdapat tiga jenjang yang disediakan yakni ; Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu (SMP-IT), Sekolah Menengah Atas (SMA), Sekolah Menengah Kejuruan-Multimedia (SMK-MM)